端午过后，龙舟的存放方式因地域和传统习俗的不同而有所差异，主要分为水下保存和岸上存放两种方式。
水下保存
在一些地区，尤其是南方水乡，龙舟在端午过后会被重新藏入水中。这种保存方式主要基于以下几点考虑：木材特性：传统龙舟多采用坤甸红木、松木等木材制作，这些木材在水中会越发坚韧，而长时间暴露在空气中则容易导致水分蒸发，进而引起龙舟变形或损坏。隔绝空气：将龙舟藏入水下，河泥包裹龙舟，相当于敷了“抗氧”泥膜，能起到隔绝空气的作用，减缓木材的老化和损坏程度。传统习俗：在一些地区，将龙舟藏入水下被视为一种传统习俗，寓意着龙舟在“冬眠”中等待下一次的召唤。
例如，在广东部分地区，龙舟在端午过后会被埋在河底的淤泥中，等到来年农历四月初八的“起龙”仪式时，再将其挖起、洗净，迎接新的龙舟竞渡。
岸上存放
在另一些地区，龙舟在端午过后则会被存放在岸上的特定场所，如龙舟室、龙舟厝或祠堂等。这些场所通常具备以下特点：避光干燥：龙舟室或龙舟厝的建造会尽量选择避光、干燥通风的地方，以减少龙舟受潮和霉变的风险。专业维护：在存放期间，村里会找专业人员对龙舟进行保养与维护，如刷桐油、补新漆等，以延长龙舟的使用寿命。文化象征：将龙舟存放在祠堂等场所，也体现了龙舟在当地文化中的重要地位，是村民们共同的精神财富。
例如，在福建福州闽侯县南通镇等地，龙舟在端午过后会被存放在“龙舟厝”内，由村中德高望重的老人担任保管员，负责龙舟的日常维护和保养。
